Une collection de plus de 2 500 souches bactériennes

De gauche à droite   :  Laurent Urios (ingénieur de recherche), Régis Grimaud (professeur et coordinateur du projet), Claudie Barnier (Doctorante).
Certaines bactéries marines ont la capacité de dégrader les lipides en formant des biofilms. Afin d’évaluer si ces caractéristiques étaient répandues chez les bactéries, les chercheurs Régis Grimaud et Claudie Barnier ( UMR IPREM – CNRS et Université de Pau et des Pays de l’Adour) se sont adressés à EMBRC-France. Le centre de ressources conserve en effet une collection de plus de 2 500 bactéries majoritairement marines – la Banyuls Bacterial Culture Collection ou BBCC– au sein de laquelle les chercheurs ont testé plusieurs dizaines souches.

Dans l’océan, la matière organique est dégradée par les bactéries, maillon important dans le recyclage de la matière. Certaines bactéries sont spécialisées dans la dégradation des protéines, d’autres des polysaccharides, d’autres encore des lipides. L’Université de Pau étudie depuis quelques années des bactéries capables de dégrader des hydrocarbures ; Régis Grimaud et son équipe se sont aperçus que celles-ci dégradent également les lipides.

Pour s’attaquer à ces substances insolubles dans l’eau, ces bactéries oléolytiques forment des biofilms et sécrètent des enzymes qui solubilisent hydrocarbures et lipides. Les connaissances actuelles étant limitées à quelques souches des genres Marinobacter et Alcanivorax, Régis Grimaud et la doctorante Claudie Barnier souhaitent évaluer la diversité des bactéries oléolytiques. Leurs résultats permettront d’établir des souches modèles pour développer ensuite des outils génétiques et génomiques, afin d’étudier la formation des biofilms, les enzymes sécrétées, l’absorption des produits de la dégradation, etc. Le projet a été sélectionné lors de l’appel 2015 d’EMBRC-France « Organismes marins modèles en biologie : utilisation et développement », ouvrant à Claudie Barnier l’accès à la collection BBCC lors de ses séjours à Banyuls sur mer dans les laboratoires d’EMBRC-France en 2016 et 2017.

Constituée à partir de 2001, la collection BBCC rassemble aujourd’hui plus de 2 500­ souches bactériennes, essentiellement marines et d’une grande diversité. Toutes sont cryoconservées à -80°C et archivées dans une base de données. Compte tenu de l’origine très diverses des souches et des méthodes mises en oeuvre pour les isoler, cette collection est très originale et représente une grande richesse. En effet, ces bactéries proviennent de zones d’environnements variés : différentes profondeurs, vivant libres ou en association avec des organismes comme des macroalgues, microalgues, invertébrés (oursins, éponges, corail...) et même des lichens pour quelques-unes. À chaque demande, Laurent Intertaglia, responsable technique de la collection, remet en culture les souches tout en s’adaptant aux besoins de la recherche (milieu solide, liquide, température…). Ainsi, les chercheurs bénéficient de conseils et de l’expertise d’EMBRC-France sur ces souches bactériennes, par exemple pour vérifier si la croissance se déroule de la manière attendue, adapter les conditions de culture ou tester d’autres souches. 

 

De gauche à droite :  Laurent Urios (ingénieur de recherche), Régis Grimaud (professeur et coordinateur du projet), Claudie Barnier (Doctorante).
Les résultats correspondants aux travaux réalisés dans le cadre du programme EMBRC France ont été présentés sous forme d’un poster «Evidences for a physiological link between hydrocarbons and lipids degradation in the marine environment »  à la conférence internationale FEMS (Federation of European Microbiological Societies) en juillet 2017 à Valence (Espagne).