Imagerie Quantitative

L’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer est spécialisé dans l’Imagerie Quantitative en particulier planctonique. Le FlowCAM, le ZooScan et l'UVP sont des équipements mis à disposition des utilisateurs.

Prestations

ECOTAXA

Prestation :
Classification d'images planctoniques
Services :
Imagerie Quantitative
Sites :
Villefranche-sur-Mer

ECOTAXA est une application web qui permet de classer des images d'organismes en utilisant une taxonomie de référence. Les images et les metadata associées aux organismes qu'elles représentent sont chargées dans l'application afin de prédire leur identification (classification automatique). Les utilisateurs enregistrés peuvent ensuite valider cette classification ou améliorer le tri en visualisant celles-ci via un interface web dédié. Toutes les activités sont enregistrées afin de permettre un contrôle qualité. ECOTAXA accueille aujourd'hui plus de 50 millions d'images acquises avec différents types d'instruments. Environ 30% sont déjà validées. Ecotaxa est aujourd'hui la plus grande base d'images de plancton triée.

Nous proposons d'héberger vos images dans l'application afin que vous puissiez les classer.

lien: http://ecotaxa.obs-vlfr.fr/

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FlowCAM

Prestation :
Système d'imagerie du plancton
Services :
Imagerie Quantitative
Sites :
Villefranche-sur-Mer

Le FlowCAM  (Fluid imaging Inc.) est un système d’imagerie pour la mesure et la classification d'organismes et de particules (de 20 à 200 µm) présents dans un milieu liquide. Il est adapté pour les organismes de type nano- et micro-plancton qui peuvent être vivants ou fixés.

Le protocole « Analyses sans classification taxonomique » (#1) comprend :

- La réception et le colisage retour (dans le cas où l’analyse est faite par un expert de la plateforme),
- La préparation du projet et sa maintenance,
- L’analyse des échantillons par l’instrument (FlowCAM : analyse + process + extraction des images + reconditionnement et ZooScan : analyse + process + séparation sur image + extraction des images + reconditionnement),
- L’hébergement des images sur Ecotaxa,
- Une formation initiale à l’instrument (dans le cas où l’analyse est faite par un personnel externe hébergé).

Le protocole « Analyses avec classification taxonomique < 20 taxa » (#2) comprend :

- Protocol #1 (Analyses sans classification taxonomique),
- Une formation complète à l’instrument et au logiciel Ecotaxa (dans le cas où l’analyse est faite par un personnel externe hébergé),
- Une formation à la taxonomie du plancton sur imagerie (facultatif selon niveau de l’opérateur),
- La validation des images sur 20 groupes taxonomiques sur Ecotaxa (liste définie avec l’utilisateur).

Le protocole « Analyses avec classification taxonomique > 20 taxa » comprend :

Protocol #2 (« Analyses avec classification taxonomique < 20 taxa ») +
La validation des images sur plus de 20 groupes taxonomiques sur Ecotaxa (liste définie avec l’utilisateur)

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Underwater Vision Profiler (UVP)

Prestation :
Système d'imagerie du plancton
Services :
Imagerie Quantitative
Sites :
Villefranche-sur-Mer

L’UVP (HYDROPTIC Inc.) est un système d’imagerie in-situ pour la mesure/quantification des particules (>100µm) et la classification d'organismes (>700µm) présents dans un milieu liquide.

Réglage et Calibrage :

- Vérification fonctionnelle et logicielle de l’instrument et du PC de pilotage, MAJ logicielle,
- Réglage optique de l’instrument,
- Caractérisation des éclairages,
- Calibrage des tailles par ajustement sur instrument de référence, utilisation de données in-situ,
- Analyse des données et fourniture du rapport.

Location d’un UVP (l’instrument ne peut être loué que par des utilisateurs formés) :

- Préparation instrumentale,
- Organisation et prise en charge du transport et de l’assurance,
- Hébergement images dans Ecotaxa.

Qualification UVP :

- Qualification de 2 jours permettant la prise en main de l’instrument pour une mission de mesure et sa maintenance.

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ZooScan

Prestation :
Système d'imagerie du plancton
Services :
Imagerie Quantitative
Sites :
Villefranche-sur-Mer

Le ZooScan (HYDROPTIC Inc.) est un système d’imagerie pour la mesure et la classification d'organismes et de particules (de 150 µm à 5 cm) présents dans un milieu liquide. Il est adapté pour les organismes de type meso- et macro-plancton qui doivent être immobiles (fixés ou anesthésiés).

Le protocole « Analyses sans classification taxonomique » (#1) comprend :

- La réception et le colisage retour (dans le cas où l’analyse est faite par un expert de la plateforme),
- La préparation du projet et sa maintenance,
- L’analyse des échantillons par l’instrument (FlowCAM : analyse + process + extraction des images + reconditionnement et ZooScan : analyse + process + séparation sur image + extraction des images + reconditionnement),
- L’hébergement des images sur Ecotaxa,
- Une formation initiale à l’instrument (dans le cas où l’analyse est faite par un personnel externe hébergé).

Le protocole « Analyses avec classification taxonomique < 20 taxa » (#2) comprend :

- Protocol #1 + (Analyses sans classification taxonomique),
- Une formation complète à l’instrument et au logiciel Ecotaxa (dans le cas où l’analyse est faite par un personnel externe hébergé),
- Une formation à la taxonomie du plancton sur imagerie (facultatif selon niveau de l’opérateur),
- La validation des images sur 20 groupes taxonomiques sur Ecotaxa (liste définie avec l’utilisateur).

Le protocole « Analyses avec classification taxonomique > 20 taxa »  comprend :

- Protocol #2 (« Analyses avec classification taxonomique < 20 taxa »),
La validation des images sur + de 20 groupes taxonomiques sur Ecotaxa (liste définie avec l’utilisateur).

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